2017年1月1日起，南京217家一级及其它公立医疗机构实施医药价格综合改革，实现公立医疗机构取消药品加成和医疗服务价格调整全覆盖。其中，参改一级医院29家，其他未定级188家，共217家。
根据《国务院办公厅关于印发全国医疗卫生服务体系规划纲要（20152020年）的通知》中明确，医院分为公立医院和社会办医院。其中，公立医院分为政府办医院（根据功能定位主要划分为县办医院、市办医院、省办医院、部门办医院）和其他公立医院（主要包括军队医院、国有和集体企事业单位等举办的医院）。
此次参改的公立医疗机构，包括军队、国有和集体企事业单位等举办的一级医院及其他未定级的医疗机构，凡是未参加上两轮改革的，均纳入参改范围。
医药价格综合改革就是取消药品加成，调整医疗服务价格，将公立医院补偿由服务收费、药品加成收入和政府补助三个渠道改为服务收费和政府补助两个渠道，并同步实行综合改革，建立新的运行机制，使公立医院真正回归到公益性的轨道上来。
在南京此次公立医院医药价格综合改革中，217家公立医疗机构同步实施，所有药品零差率销售，取消药品加成，实施医疗服务价格调整。